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税務調査は怖くない。税務署が見るのは2つだけ

2026.02.09 2026.02.13

こんにちは、しんこう会計事務所の新美です。

税務調査って、正直ちょっと身構えますよね。
税務署から電話が来ただけで心臓がバクバクする。
悪いことをしていなくても、
なんとなく「何かやってしまった？」
みたいな気分になる。
でも、税務調査の正体はシンプルです。
申告がルール通りかどうかの確認。
多くの会社にとっては、
ドラマみたいな話というより、
淡々と進む“事務イベント”に近いです。
今日は、細かいテクニックではなく、
税務調査の全体像を、
読みやすい形でまとめてみます。

税務調査とは何か

税務調査は、税務署が会社の申告内容について、
帳簿と証拠と実態が一致しているかを
確認するものです。
調査で見られる資料は、主にこの2つです。

総勘定元帳（帳簿）
証憑（領収書・請求書など）

そして、税務署が見たいのは結局これです。

その数字、どうやって作ったのか？
その数字を裏づける根拠（証憑）は何か？

ここがつながっていれば、
必要以上に怖がる必要はありません。

どんな流れで進むのか

まず全体の流れはこれです。
連絡 → 日程調整 → 事前準備 → 当日 → 追加対応 → 結論

連絡：顧問税理士がいる会社は、まず顧問税理士に連絡が入ることが多いです。いきなり社長に直電、とは限りません。
日程調整：税務調査は、体感として2〜3日のケースが多いです。時間帯はだいたい10〜16時あたりで進みます。
事前準備：ここが一番効きます。準備が弱いと、当日に詰むというより、追加対応が増えて長引くことが多いです。
当日：全体の数字を見た上で、ズレが出やすいところを中心に確認が進みます。
追加対応：追加資料や追加説明が出ることがよくあります。ここが実際の負担になりがち。
結論：「問題なし」か「修正が必要」かが整理されて終了です。

経営者は「知らなかった」では済まされない

税務調査で問われるのは、
会計ソフトの操作方法ではありません。
会社で何が起きているかです。
普段から経営者は、
最低限これを把握しておく必要があります。

会社で行われる取引の内容
お金の流れ（売上の入金、支払い、外注、交際費など）
その取引が「なぜ必要だったか」の説明

経理が処理しているから大丈夫、ではなく、
税務調査では最終的に
「会社としてどう説明するか」が問われます。
経営者が全部覚えている必要はありませんが、
説明できる状態にしておく責任は
経営者側にあります。

税務調査は必ず税理士立ち会いで進めるべき理由

税務調査は、必ず税理士立ち会いで
進めるのが大事です。
理由はシンプルで、
税務調査の場は「雑談」ではなく、
会社のリスクを左右する
公式なやり取りだからです。
言い回し一つで誤解が生まれたり、
余計な情報が広がったりしやすい。
税理士の役割を、あえて噛み砕くとこうです。
税務署の「これ、おかしくないですか？」
という問いに対して、
「それはこういう取引で、
こういう業界慣習があって、
この規定に基づいた処理ですよ」
と、共通言語に翻訳して伝えるのが
税理士の役割です。
結果として、調査がスムーズになり、
会社側が余計な不利を背負いにくくなります。

何を確認されやすいのか

細かい論点はたくさんありますが、
全体像としてはだいたいこの3つに集約されます。

1. 売上：特に「期ズレ」を丁寧に見られる

税務署が売上を確認するとき、
売上台帳だけを眺めるわけじゃありません。
まずは通帳の入金を入口にして、
「帳簿の売上」と突き合わせます。
入金は客観的に追えるので、
調査のスタート地点にしやすいんですね。
ここで誤解されがちですが、
税務署がやりたいのは、
「入金＝売上だろ」と決めつける
ことではありません。
本当に見たいのは、もっと実務的なところで、
売上の計上時期が
ズレていないか（期ズレ）です。
そしてもう一つ。
通帳に入ってこない売上、
つまり現金売上がある業種は、ここも見られます。
レジ・日報・予約台帳・売上集計など、
現場側の記録と帳簿がつながっているか、
という確認が入るイメージです。

2. 経費：金額より「内容」と「説明」

経費は、領収書があるかどうか以上に、
何のための支出かが見られます。
科目でまとめて処理していても、
税務調査では結局、中身が問われます。

3. 在庫・資産：利益が動く場所だから確認される

在庫や固定資産は、
処理次第で利益が動きやすい部分です。
業種によって濃淡はありますが、
棚卸や資産計上の整合性は
定番の確認ポイントです。

正しく恐れて、堂々と対応すればいい

税務調査は、ざっくり言うとこうです。
数字（申告）と、
帳簿（総勘定元帳）と、
証憑（領収書・請求書）、
そして実態がちゃんとつながっているかの確認。
怖いのは税務署が来ることそのものより、
会社側が説明できない状態になっていることです。
逆に言えば、税務調査を乗り越えることは、
会社の管理体制を
アップデートする機会でもあります。
恐れずに味方である税理士等をしっかり頼って、
堂々と対応しましょう。